机体免疫系统对自身抗原的免疫应答强到足以损伤细胞与组织时，即导致自身免疫性疾病的发生。细胞与组织的损伤是由自身抗体和（或）自身反应性T细胞介导的。
自身抗体所致的疾病有：①抗细胞表面抗体破坏细胞所致的自身免疫病：服用药物和Rh血型不合，会产生抗红细胞表面抗原的自身抗体（IgG或IgM)而引起自身免疫性溶血性贫血；产生抗血小板表面成分抗体而引起自身免疫性血小板减少性紫癜；产生抗中性粒细胞抗体而引起自身免疫性中性粒细胞减少症。在这些疾病中，自身抗体可通过以下方式破坏细胞：自身抗体识别和结合细胞膜上的抗原性物质后，激活补体系统，在膜表面形成膜攻击复合物而破坏细胞；结合自身抗体的细胞在脾脏中由表达Fc受体的吞噬细胞清除；NK细胞等通过抗体依赖的细胞介导的细胞毒作用（ADCC)杀伤自身抗体包被的细胞；自身抗体与细胞的自身抗原结合，激活补体系统，在此过程中产生有趋化作用的因子C5a，招募中性粒细胞，后者释放蛋白水解酶和介质，引起细胞损伤；②抗细胞表面受体致自身免疫病：如突眼性甲状腺肿是由血清中促甲状腺激素受体的自身IgG抗体引起的自身免疫性疾病。又如重症肌无力是一种由自身抗体引起的以骨骼肌进行性无力为特征的自身免疫病；③抗细胞外成分自身抗体引起的自身免疫病：抗细胞外抗原的自身抗体也能引起自身免疫病，如肺出血肾炎综合征是由抗基底膜IV型胶原抗体引起的自身免疫病。IV型胶原广泛地分布在身体各处，包括肺和肾的基底膜。由抗基底膜IV型胶原抗体启动的免疫应答可使患者肾小球基底膜受损而发生肾炎；④自身抗体-自身抗原免疫复合物引起的自身免疫病：在有些情况下，机体有核细胞普遍表达的抗原可刺激自身抗体的产生，这种自身抗体和相应的自身抗原结合形成的免疫复合物可引起如系统性红斑狼疮等自身免疫病。
自身反应性T细胞在一定条件下也可引起自身免疫病，如胰岛素依赖型糖尿病就是自身反应性T细胞持续杀伤胰岛B细胞，致使胰岛素的分泌严重不足所致。
