原发性生殖器疱疹潜伏期2～7天，生殖器疱疹症状表现为出现1个或多个小而瘙痒的红丘疹，迅速变成小水疱，3～5天后可形成脓疱，破溃后形成糜烂、溃疡、结痂，伴有疼痛。皮损单发或融合，男性好发于龟头、冠狀溝、男性生殖器体或尿道口，女性多在阴唇、肛周或女性生殖道发疹，约90%同时侵犯子宫颈，也可累及直肠粘膜。常伴有发热、头痛、乏力、肌痛、腹股沟淋巴肿大和压痛。症状不间断1～2周，一般3～4周皮损结痂、愈合。
复发性生殖器疱疹多在原发感染后1～4个月内复发。复发性生殖器疱疹潜伏期的临床表现与原发性的相似，但症状轻，皮疹范围小，病程也短，一般在数日内可自愈。复发前1～2天，局部常有刺痒或烧灼感等前驱症状。临床上所见到的复发性生殖器疱疹患者绝大部分为男性，女性患者由于生殖器疱疹潜伏期症状不明显常不来就诊。复发与发热、月经、日晒、寒冷、某些病毒感染有关。
