急性扁桃体炎有传染性，应适当隔离。因本病多为链球菌感染，可使用抗生素或磺胺药。此外，应注意休息、通大便、多饮水、冷流食，并给适量退热止痛药、漱口药水等，多数患者可在1周左右恢复。
慢性扁桃体炎尚无肯定有效的保守疗法，但中药、扁桃体局部用药、冷冻、理疗等皆有人试用。也可进行扁桃体切除术。过去，为防止扁桃体病灶引起严重并发病，扁桃体切除术甚为普遍。近年由于认识到扁桃体具有免疫功能，对切除扁桃体是否有益发生争议。故手术已较前有所减少。对手术适应症、手术效果及切除扁桃体是否会影响机体免疫功能等也存在不同见解。据近年研究,扁桃体参与体液免疫和细胞免疫,可以产生合成各种免疫球蛋白的 B淋巴细胞。因此有人认为切除扁桃体可以影响局部免疫功能，但对全身免疫功能无影响。以下情况可以行扁桃体切除术：①反复急性发作或有扁桃体周围脓肿史者；②可能是引起其他部位病变的原发病灶；③影响正常呼吸或吞咽功能。为防止对免疫功能有不良影响,一般在6岁以前不行扁桃休切除术。影响吞咽及呼吸者，可以切除一侧扁桃体，以解除功能障碍。有出血倾向，继发病活动期手术可能造成继发病恶化以及病人健康条件不允许时，则不应手术。
扁桃体切除主要有两种方式，即剥离法和挤切法。剥离法对周围组织损伤小，可以适用于各种情况，故为多数医生采用。挤切法的最大优点是快，手术可在1～2分钟完成，但对粘连多、有过扁桃体周围脓肿史及可能有血管异常者不宜采用。扁桃体手术本身也可出现并发症，如术后出血、感染、局部损伤等。少数病例术后可出现咽干、咽部淋巴组织代偿性增生等。 手术效果与适应症的选择是否恰当，手术操作的好坏及病人的生理、心理状态有关。就疾病本身而言，反复急性发作,扁桃体肥大而致影响正常生理功能,扁桃体周围脓肿和扁桃体良性肿瘤等，疗效肯定。对合并有肾炎、风湿病、低烧等全身性疾病者，其疗效则各家说法不一。扁桃体切除仅是将一个可能的致病原因去除，对其他部位的器质性病变并无作用，也不能影响其他的致病因素。
