食源性疾病分为两类：一类是由食品中生物或化学因素引起的食物中毒，另一类是由食品中生物因素引起的感染性腹泻。已知有200多种疾病可以通过食物传播。已报道的食源性疾病致病因子有250种之多，其中大部分为细菌、病毒和寄生虫引起的感染性疾病。其它为毒素、金属污染物、农药等有毒化学物质引起的中毒性疾病。1、肠道致病菌约10种左右的肠道致病菌，是食源性疾病中最常见的生物致病因素。感染后可引起细菌性食物中毒和多种感染性腹泻。常见的致病菌及其污染的食物为：沙门氏菌（禽、畜肉）、副溶血性弧菌（水产品）、蜡样芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌（剩饭）、肉毒杆菌（发酵制品、肉制品）、李斯特单核细胞增生菌（乳制品）、椰酵假单细胞菌（银耳）和肉制品大肠杆菌等。2、食源性病毒通过食品传播的病毒主要有诺如病毒、轮状病毒、甲肝病毒和戊肝病毒等。感染后可引起病毒性腹泻、甲肝、戊肝等疾病。目前病毒性腹泻发病率呈明显上升趋势，仅次于细菌性腹泻。3、寄生虫主要是华支睾吸虫，感染后可引起肝吸虫病。还有阿米巴原虫，感染后可引起阿米巴痢疾。4、毒素如黄曲霉毒素、海中的生体毒素、毒蘑菇中产生的氰苷和毒素、有毒动物(如河豚鱼)产生的毒素等。5、化学性污染主要是农药，兽药饲料添加剂、杀虫剂、灭鼠药的滥用，含重金属(铅、铜、汞、锌)、有机氯和化合物(多氯联苯)、有机磷的化合物、亚硝酸盐等有害物质造成的污染。
