昌吉州辖2个县级市、4个县、1个自治县:昌吉市、阜康市和玛纳斯县、呼图壁县、吉木萨尔县、奇台县、木垒哈萨克自治县。
昌吉回族自治州是新疆维吾尔自治区的下辖行政区之一。地处天山北麓、准噶尔盆地东南缘，东邻哈密地区，西接石河子市，南与吐鲁番地区、巴音郭楞蒙古自治州毗连，北与塔城、阿勒泰地区接壤，东北与蒙古国交界，边境线227。
3公里，是古代"丝绸之路"新北道通往中亚、欧洲诸国的必经之路。全州东西长541千米，南北宽285千米。昌吉回族自治州下辖5县2市。
州域内驻有新疆生产建设兵团24个团场以及乌鲁木齐石化总厂、准东石油基地、玛纳斯电厂等一批中央、自治区所属企事业单位。
昌吉州从东西北三面环抱自治区首府乌鲁木齐市;建有乌拉斯台国家一类季节性口岸和亚中商城国家二类通商口岸;州府昌吉市距乌鲁木齐国际机场18公里，第二座亚欧大陆桥、312国道、216国道、吐乌大高等级公路、乌奎高速公路和亚欧光缆都从州内通过，是东联内地、西接中亚、欧洲市场的黄金通道。
昌吉州是新疆重要的农牧业生产基地，已基本形成了粮食、棉花、畜产品、制种、蔬菜等支柱产业。
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