肝脏是药物在人体的主要代谢场所，自然也是药物毒性反应难以避免的靶器官之一。中药同西药一样都要在肝脏进行解毒，故不可避免地会引起肝损害。尤其是肝炎患者，肝功能本已受到损害，解毒能力大为降低，若不加选择地长期滥服中药也会加重肝脏负担，造成肝损害。许多中药具有肝脏毒性，服用后可能引起肝损害。例如：雷公藤、黄药子、何首乌、土三七、山紫菀、天芥菜、猪屎豆、独活、淫羊藿等。据近年来的文献报道，中草药引起的肝损害约占全部药物性肝损害的4.8%~32.6%，甚至一些治疗肝病的常用中药也有可能导致或加重肝损害。一位日本医生曾报道40例服用小柴胡汤治疗的患者，9例在用药过程中出现氨基转移酶升高及黄疸，肝活检证实为急性肝损害，停药后恢复；其中4例再次用药后，重现肝损伤，说明小柴胡汤确能诱发急性肝炎。但中医认为这有可能是辨证不当所致。一位中国女性患者，在肝炎恢复期使用了小柴胡汤治疗，治疗后出现恶心、呕吐症状，氨基转移酶升高。经中医会诊，认为是辨证不当所致，因为方中的柴胡具有中医所说的“疏肝解郁，升举阳气”之功效，而此时这位患者正好不对症。经过中医修改处方，去掉方中柴胡，增加了“健脾”的中药，患者的症状消失，肝功能恢复正常。过了几年，这位患者出现了月经失调，腹痛症状，中医医生给她使用含有柴胡的中药方剂“加味逍遥散”治疗，患者的病情很快好转，没有出现肝损害。治疗肝病的中药也有可能导致其他不良反应。例如：具有中医“清泻肝胆实火，清利肝经湿热”功效的“龙胆泻肝丸”在我国导致了许多患者发生慢性肾衰竭。后来查明，是方中含有马兜铃酸的关木通对肾脏的损害。由此看来，中医的治疗是很复杂的，中药品种繁多，辨证复杂，应用不当，很有可能导致不良反应发生。因此肝病患者用药更应当谨慎，最好在专业医生指导下用药。
