在便秘的诊断和鉴别诊断中，根据临床需要，应做必要的检查。首先要注意有否存在报警症状及全身其他器质性病变存在的证据；对 50岁以上、有长期便秘史、短期内症状加重的病人，应进行结肠镜检查以排除大肠肿瘤的可能；对于长期滥用泻剂者，结肠镜可确定是否存在泻剂性结肠或（和）结肠黑变病；钡剂灌肠造影有助于先天性巨结肠的诊断。
难治性便秘时可选择特殊的检查方法包括：胃肠通过试验（GITT)、直肠及肛门测压（RM)、直肠-肛门反射检查、耐受性敏感性检查、
气囊排出试验（BET)、盆底肌电图、阴部神经潜伏期测定试验及肛管超声检查；结肠镜检查或钡灌肠有助于确定有无器质性病变。
确定便秘类型的方法有多种，简化的结肠传输试验建议至少在服用不透X线标志物后48小时拍摄腹片一张（正常时多数标志物已经抵达直肠或已经排出），必要时72小时再摄一张，标志物的分布对判断有无慢传输很有帮助。实际上测算结肠传输时间不很重要，尤其是对便次很少的病人。如延长到5~6天摄片一张，则病人难以坚持而自用泻药，且对轻、中度便秘的诊断的敏感性降低。肛门直肠测压能检查肛门直肠功能有无障碍，如用力排便时肛门外括约肌的矛盾性收缩，直肠气囊注气后肛门直肠抑制反射缺如以及直肠壁的感觉功能异常等。气囊排出试验反映了肛门直肠排出气囊的能力，不过气囊和直肠内的硬粪尚不相同。一些难治性便秘，如24小时结肠压力监测缺乏特异的推进性收缩波（SPPW)以及结肠对醒来和进餐缺乏反应，均表明为结肠无力，需要手术切除。排粪造影能动态观察肛门直肠的解剖和功能变化，肛门测压结合超声内镜检查，能显示肛门括约肌有无力学上的缺失和解剖上的缺损，均为手术提供线索。应用会阴神经潜伏期或肌电图检查，能分辨便秘是肌源性或是神经源性。对伴有明显焦虑和抑郁的病人，应做有关的调查，并判断和便秘的因果关系。
