肝内胆管结石对身体的危害要看它的大小和所在部位，有的结石很小可能没什么症状，有的结石虽小在胆管细小末端也会造成疼痛炎症等症状；结石如果变大堵塞胆管、对胆管造成摩擦，会引起胆汁淤积、胆管炎症等，因此肝内胆管结石的主要危害不在于结石本身，而在于结石阻塞肝内胆管而引起的胆汁淤积、肝功能破坏、肝细胞水肿、肝萎缩、胆汁性肝硬化等。在早期因为没有什么不适症状，所以很多人对这个病也就产生不重视的态度，而一旦结石引发腹痛、黄疸、发热的症状，往往就已经造成肝功能的严重损伤。胆道结石的患者均有胆汁代谢异常，油脂分解吸收能力受影响，会出现厌油、厌食、恶心表现。因此，对于小结石患者，初期应该抓紧药物治疗，不要等到症状严重后不得不进行手术。
