杀菌的化学药剂种类很多，常用的有以下几种：(1)重金属盐类重金属杀菌原理是基于重金属离子带正电，容易与带负电的菌体蛋白质结合，使其凝固变性。低浓度重金属离子与酶或某些活性物质的活性基团，如硫氢基结合，可使需要一SH基团的酶失去活性，对微生物起到杀死或抑制作用。
  所有重金属盐类对微生物都有毒害作用，如汞、银、铅、锌、铜等。微生物浸在0。1%-0。5%硝酸银，升汞（HgCl2)等溶液中，几分钟就会死亡。升汞的毒性特别强，即使10毫克/千克的浓度，也能杀死微生物。食用菌采种及段木分离菌种时，常用0。1%升汞溶液进行表面消毒。
  (2)氧化剂常用氧化剂有高锰酸钾、过氧化氢（H202)、臭氧(03)、过氧乙酸(CH3COOOH)、漂白粉等。高锰酸钾、过氧化氢常用浓度为1%,过氧乙酸为0。2%-0。5%(随用随配，稀释液只能存放3天），漂白粉为0。5%-1。2%。它们的杀菌机制是通过强烈的氧化作用，破坏微生物的原生质或酶蛋白质的结构。
  例如，漂白粉是用氯气氯化熟石灰〔Ca(OH)2〕而获得的白色粉末，主要成分为CaCl2、Ca(OH)2及次氯酸，次氯酸不稳定，发生强烈的氧化作用，使含一SH基的酶蛋白失去活性。(3)还原剂甲醛是常用的还原消毒剂。商品福尔马林含有37%-40%的甲醛溶液。
  5%福尔马林溶液常用于防腐和种子表面消毒，可杀死细菌芽孢和真菌孢子。培养室、接种室或出菇室消毒时，以福尔马林原液熏蒸，每立方米空间用7毫升福尔马林原液，再加7克高锰酸钾，加热蒸发。甲醛能与微生物细胞蛋白质的氨基结合，引起蛋白质变性，使原生质失去正常活动能力。
  (4)表面活性物质包括乙醇（酒精）、石炭酸、煤酚皂液和新洁尔灭等，均是表面活性消毒剂。乙醇是强表面活性剂，也是最常用的表面消毒剂，能降低表面张力，改变细胞膜的渗透性及原生质的结构状态，使蛋白质凝固变性。70%浓度的酒精消毒力最强。石炭酸及其衍生物，能使蛋白质变性，损伤微生物细胞壁和质膜。
  2%-3%煤酚皂液是常用的消毒剂。新洁尔灭是一种季铵盐，能破坏微生物细胞膜的渗透性，0。25%新洁尔灭水溶液可用做皮肤、菌种瓶表面消毒。