鸟疫的病原体是鹦鹉衣原体。它是一种专性细胞内寄生物，属于裂殖菌纲衣原体目衣原体科。衣原体是球形微生物， 直径0.3 ~ 1.5微米，其大小取决于其在细胞内独特的专性寄生周期中的发育期。在被宿主细胞吞噬后的几小时内，原生小体或小 而致密的感染型长大成薄壁的网状球形物，直径0.6 ~ 1.5微米， 称为原始体。这种含有核丝和核糖体成分的大型体即是衣原体的 生长型，以二分裂方式增殖。子代衣原体的体积逐渐减小，并变成直径约0.3微米的致密球状体，内含核物质和核糖体，外由胞桨 膜和坚实的细胞壁所围绕。衣原体在宿主细胞的胞浆内由胞浆膜凹人的一个空泡中生长、增殖和成熟，为时约30小时或更少。
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