玛雅人并没有消失，玛雅文明消失了，但留下了“失落的部族”。在墨西哥的热带丛林里还能见到纯正玛雅血统的玛雅人。面相还和玛雅遗址的雕像十分相似。有着后退的长额，鼻准轮廓清晰，嘴唇丰厚。玛雅文明消失之后，有关玛雅文明的记载的书籍等被后来入侵的西班牙统治者毁灭一空。
现有可查的玛雅文字及陶器石碑等，均因在丛林中发现的遗址中发掘，存于墨西哥城博物馆。关于玛雅文明的消失，大至有三种说法。两种都和自然灾害有关，一说因玛雅人几百年对天文学的研究中发现太阳星系对地球产生巨大的影响，敬仰膜拜日神月神等，他们的宗祉神庙使用了大量的石灰，石灰的烧制需要大量的木材，导致森林植被被严重破坏，生态失衡后天灾无数，致使他们认为是天神的惩戒，砍伐造庙加剧；玛雅文明在此毁于天灾。
二说是玛雅人虽然是建造了城市，但他的经济起源是农业，大的自然灾害一旦毁掉了农业，城市的基础不复存在。三则是玛雅的奴隶制说，玛雅文明中有极残酷的心祭体刑等刑罚，而大部分文明资料掌握在少数的贵族手中，随着文明的发展，贵族及奴隶之间不通婚，少数的贵族消失了，留下了大部分是没文化的农民，精粹的文化也随之失传。
渐渐地玛雅文明消逝在丛林中。
在墨西哥和危地马拉都能见到玛雅人，有些玛雅人的后裔也与其它部族通婚，后代血统已经不那么纯正了，他们会告诉你，我的曾祖父那代是玛雅人。所以他们认为，和其它部族通婚后，不能再称自己为玛雅人了。祖祖辈辈生活在丛林的玛雅人还是有的。
只是少之又少了。
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