水稻无公害和绿色优质栽培对秧苗素质要求的标准比常规栽培更高，原因是在生产全过程中，对化肥的使用量和化学农药的使用都明显减少。所以，要求秧苗特别健壮，抗逆性特别强。然而，苗期管理显得格外重要。主要分为前期、中期和后期3个阶段。1。前期管理从播种到出苗后三叶期。
  北方一季早稻区，气温低，主要以保温保湿为主，对薄膜保温育苗，要求保持床内温度，并观察床面不能缺水干旱，确保种子及时发芽和出苗。出苗时，幼苗立针期还没放青头时，千万不能浇水或灌水。在白芽期如果浇水，最容易刺激幼芽而发生勾头，造成白芽病，不扎根。
  所以，一定要使幼苗变绿以后，如果床面水分不足则可以适当浇水。其实，水稻苗期是很耐旱的，特別是三叶期以前，只需要很少量的水分。2。中期管理从三叶期开始到四叶及四叶一心期是培育壮秧的关键期。因为幼苗三叶期已离乳，为自养转为异养时期，从幼苗自身看对外界抗性较弱，加之此时外界环境气候变化较大，所以，必须精心进行管理。
  一方面，要适当追施速效肥，硫铵用量125-150克/平方米，要浇足水分；另一方面，要注意调节床内温度，一般控制在20°C-25°C,随天气变暖，要适当进行通风降温，特别是中午气温升高，如果床内温度超过35℃时，容易发生秧苗徒长。田间薄膜旱育苗，如果采取用开闭式上通风安全降温性能最好；如果采侧面通风，应进行两侧交错开口通风，气温高时两端要打开，并结合田间灌水降温，防止高温徒长和烧苗。
  同时，进行秧苗锻炼，使稻苗逐渐适应外界气温。无纺布育苗，在幼苗达到2叶期左右，可以将床内地膜揭出；大棚盘育苗如没使用壮秧剂，应喷洒敌克松或育苗灵，及时喷足水分，防止发生立枯病。3•后期管理在移栽前1周左右，如果秧苗肥分不足，可以追施送嫁肥，用硫铵100-125克/平方米，结合浇足水。
  在移栽前2-3天停止浇灌水，实行蹲秧，好处是起秧作业方便，促使秧苗根系健壮，使稻苗老健，形成“久旱逢干雨”状态，移栽后不用经过缓苗期，就可以直接发新根返青成活。钵盘育秧，在移栽前运秧时，适当喷1次水，湿润秧苗土坨，以免到田间摆抛时发生散坨，造成漂苗、倒秧或影响秧苗根系下扎而不利于缓苗。
  苗期病虫草鼠害的防治与防除。病害，北方稻区主要是防治苗期立枯病和潜叶蝇；南方稻区要防治苗期稻瘟病。在移栽前要彻底除净稻稗。旱育苗要防治地下害虫和鼠害。