工程分包合同审计在发出中标通知书后，施工总承包企业应要求中标的分包单位提供银行履约保函，同时准备合同文件文本，着手进行合同谈判，签订工程分包合同是明确合同主体权利义务，确保工程项目顺利实施的有效保证措施。在实际工作中，经常存在未签合同先上场的情况，一些敏感的经济条款不能及时进行书面约定，施工过程中出现超拨款现象，完工后发生扯皮和经济纠纷，给企业造成不应有的损失。
  因此，在合同签订前实施内部审计是加强企业经营管理的一种必要而且有效的管理手段。分包合同合法性的审计。审计人员应获取分包单位企业法人营业执照、建筑业企业资质证书、安全生产许可证、财务状况资信证明、经营业绩证明等资料，确定分包单位是否具备与分包工程内容相适应的资质和能力;获取分包单位提供的公证文书，审核分包单位法人委托书的真实性，确定是否存在挂靠等违规现象;审核分包合同的签订是否遵循了公平合理的原则，是否充分体现了合同双方权利和义务的平等性。
  分包合同条款的审计。招标文件中所包括的合同条件是签订工程分包合同的基础，审计人员应重点关注合同条款的订立是否与招标、投标过程中形成的要约与承诺保持一致。通过获取招标文件、投标文件、分包合同文本，审核分包工程承包范围是否与其资质和能力相适应，合同工期、工程质量标准是否符合总包合同的约定，审查工程量清单是否与招标文件、投标文件相一致，安全文明施工等措施项目的投入、验收标准、程序及安全生产责任是否明确;审核是否约定了履约保函的提交数额，合同签订前是否已经足额收取;合同价款的计算是否准确，结算方式和支付程序的约定是否明确;审查是否约定工程材料供应范围、供应方式、结算程序，是否约定材料预算价格及材料价差调整标准及程序，是否约定分包工程材料节超的处理原则、方法及程序;审核是否约定风险范围和风险费用的计算方法，超出风险范围时的综合单价调整方法是否明确;审核各类工程变更价款的调整方法是否进行了约定，是否约定了工程量变更超过一定幅度或清单项目特征描述不准确而引起的对综合单价进行调整的程序和方法;重点审核隐蔽工程、工程变更签证程序及手续的约定是否明确，即应明确在什么时点签证、应该具备哪些手续、必须由哪些人签认才能作为结算的依据，对单张签证的权力限制和对累积签证价款的总量达到一定限额的限制都应予以明确;审核工程验收程序的确定是否符合规范;违约、索赔及争议处理的原则程序是否合法、合理。
  分包合同管理的审计。审核本企业是否建立了分包合同管理制度，对分包合同管理是否安排专人负责，是否建立合同管理台账并进行跟踪管理;获取分包合同文件，审核其组成是否完整，合同文件组成主要包括：分包协议书、中标通知书、投标书及其附件、除总包合同工程价款之外的总包合同文件、分包合同专用条款及通用条款、工程建设标准、图纸及有关技术文件、合同履行过程中总承包方和分包人协商一致的其它书面文件等;对于合同执行过程中发生的情况变化，是否及时签订补充协议并进行登记，审计人员应着重审查补充协议与原合同是否存在实质性背离。
  企业内部审计部门应在合同审签过程中严格把关，对审核过程中发现的一些未明确、可能存在争议的事项应建议合同管理部门在专用条款中加以完善，以便在合同执行和竣工结算过程中更好地维护合同双方的权益。