全部分居三年不可以自动离婚，法律上不存在自动离婚。如果双方对于是否离婚、孩子抚养权、财产分割等内容达成一致意见，可以随时去民政部门协议离婚，不能达成合意，只能诉讼离婚。
【法律依据】
《民法典》第一千零七十九条规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
（《民法典》生效时间为2021年1月1日）
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