申请医疗事故鉴定是早先医疗纠纷处置行政化模式下的主要方式。行政调处模式下，发生医疗事故争议时，医疗机构有责任立即向卫生行政部门报告，然后由卫生行政部门来负责启动医疗事故鉴定程序。
根据《医疗事故处理条例》：
第二十条，卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定；医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
第二十一条，设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县（市）地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。
第二十二条，当事人对首次医疗事故技术鉴定结论不服的，可以自收到首次鉴定结论之日起１５日内向医疗机构所在地卫生行政部门提出再次鉴定的申请。
自从2010年《中华人民共和国侵权责任法》施行后，更多患方当事人选择向人民法院提起诉讼，并在诉讼时申请医疗损害鉴定，而不再是行政主导模式下的医疗事故鉴定。
医疗损害鉴定提起的方式其实有两种，因为现在各地各级医学会也主要是开展医疗损害鉴定而不再是医疗事故鉴定，所以患方想要提起医疗损害鉴定，可以通过向人民法院起诉后申请，由人民法院委托司法鉴定机构进行鉴定，也可以选择不通过走司法途径，而与医疗机构直接协商共同向医学会申请医疗损害鉴定。
诉讼和非诉讼途径启动的医疗损害鉴定的区别主要在于鉴定机构的选定——
诉讼途径中的医疗损害鉴定，其鉴定机构必须在人民法院司法鉴定人库里面选定，选定的方式可以是原被告双方协商选定，也可以在协商不成情况下进行随机抽签选定，所以最后确定的鉴定机构有可能为医学会，也有可能为社会办有相应鉴定资质的司法鉴定机构，那么社会办司法鉴定机构因为其中立性更能得到患方的认可，所以现在大多数患方选择这种方式选定鉴定机构。
非诉讼途径中的医疗损害鉴定，因为是医患直接协商的产物，所以必须由医学会来鉴定，具体做法就是由医患双方共同填写好制式的申请表，递送医学会即可。
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