土地流转合同违约解除处理方式需要根据具体情况来确定，如果在合同中明确约定损失赔偿额计算方法以及支付方式的，双方当事人对于违约解除合同赔偿问题不存在争议和纠纷，可以按照合同约定履行违约赔偿责任。如果土地流转合同中没有明确违约责任和处理方法，双方当事人又对于违约赔偿存在争议或纠纷，损失赔偿额应当相当于因违约所造成的损失，包括合同履行后可以获得的利益。
  明晰产权利益关系，可以从两方面进行：⑴村集体应认真做好土地承包证书的补发、换发工作，规范填写农村土地承包经营权证书，将农户基本农田的地块、数量反映在证书上，以明确土地的产权关系;⑵在明晰产权的基础上，农户之间应该通过协调来行使土地的经营权。如果土地的承包权仍划归以前的农户，则现在的经营者可给予承包人一定的经济补偿，作为租赁其土地的费用，以缩小承包农户在家务农与外出务工的差额。
  ⑴、承包方改变土地的农业用途，用于非农建设承包方依法享有承包地使用、收益和土地承包经营权流转的权利，承包方又有维持土地的农业用途、不得用于非农建设的义务。土地管理法对于农业用地转为建设用地规定了严格的转用审批程序和征地、用地批准程序。将农业用地转为建设用地，必须依照土地管理法的规定，经过有关人民政府或有关行政主管部门批准。
  承包方未履行土地管理法规定的批准手续，或者采取欺骗手段骗取批准，将承包地用于非农业建设的，其行为应当依照土地管理法的规定，由县级以上地方人民政府的土地行政主管部门给予处罚。此外，当事人一方不履行合同义务或履行义务不符合约定的，应当承担违约责任。
  如承包方在承包经营活动中出现上述行为，即是严重的不履行合同义务或履行义务不符合约定的行为，就应承担相应的违约责任。⑵、承包方进行破坏性、掠夺性经营，给土地造成永久性损害的给土地造成永久性损害，是指由于对土地的不合理耕作、掠夺式经营、建造永久性建筑物或者构筑物、取土、采矿以及其他不合理使用土地的行为，造成土地荒漠化、盐渍化、破坏耕作层等严重破坏耕种条件的情况，以一般的人力、物力难以恢复种植条件的损害。
  发包方一旦发现承包方有给承包地造成永久性损害情况的行为时，有权制止承包方的行为，并有权要求承包方赔偿由此造成的损失。承包方给承包地造成永久性损害的，发包方有权制止，并有权要求承包方赔偿由此造成的损失。因承包方随意改变土地用途或者对承包经营的标的物进行破坏性或者掠夺性生产经营，发包方要求承包方对造成的损失给予赔偿的，人民法院应当予以支持。