全部认定农村宅基地上房屋转让协议的效力的方式有：
1、对农村本集体经济组织成员之间农村房屋转让合同应认定有效。
因购买者是本集体经济组织成员，宅基地使用权可以在本集体成员内部流转。因此，对本集体经济组织成员之间农村房屋转让，只要转让双方所订立的转让合同符合合同法关于有效合同要件，就应当认定转让合同有效。
2、本集体经济组织成员与外集体经济组织成员之间的房屋转让合同应认定有效。
我国相关法律、法规虽然禁止将农村宅基地使用权向本集体经济组织成员以外的人转让，但对农村居民转让房屋所有权并无禁止性规定，而国家相关政策也无禁止向本集体经济组织外的农村居民出售房屋的规定。因此，对这类农村房屋转让合同，只要其符合合同法关于有效合同其他要件，也应依法认定为有效合同。
3、对农村本集体经济组织成员与城镇居民之间的房屋转让合同应认定无效。
【法律依据】
《合同法》第五十二条，有下列情形之一的，合同无效：
(一)一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；
(二)恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；
(三)以合法形式掩盖非法目的；
(四)损害社会公共利益；
(五)违反法律、行政法规的强制性规定。
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