土地补偿款是国家征收了村集体所有的土地后向村集体组织支付的用发展再生产的款项，按照以前的政策，土地补偿款是不能私分的，而应全部用来发展再生产。但这种政策在一定程度上导致了土地补偿费被村委会或者经济合作社的个别成员给花光了，而作为村民却没有落着任何好处，因此确定一定的比例将土地补偿费直接分配到村民个人手中，已经被国家许多政府部门所认识。
那么，农村集体经济组织应按照什么程序分配土地补偿款呢？《中华人民共和国村民委员会组织法》第19条第（三）项的规定：涉及村民利益的下列事项，村民委员会必须提请村民会议讨论决定，方可办理：（一）……（三）从村集体经济所得收益的使用；………土地补偿费属于村集体经济所得收益一种，因此,农村集体经济组织要分配土地补偿费须提请村民会议讨论决定。
《中华人民共和国村民委员会组织法》第17条第2款规定：召开村民会议，应当有本村18周岁以上村民的过半数参加，或者有本村三分之二以上的户的代表参加，所作决定应当经到会人员的过半数通过。
在实践中，村民会议的形式大致有三种形式：一是全体或者大部分村民参加的大会；二是村民选举的村民代表参加表决的会议；三是村民委员会拟定好了分配方案后挨家挨户征求意见式的大会；不管采取什么样的形式，只要达到了法定人数通过，在法律上一般都是认可的。所以要分配土地补偿费，须按照法定的程序召开村民大会，由村民大会讨论并通过分配方案，然后按照分配方案进行分配。但应注意的是，如果村民会议或村民代表会议讨论决定的土地补偿费分配方案，侵害了个别村民的应得合法利益，则是不允许的。
《中华人民共和国村民委员会组织法》第20条第2款规定，村民自治章程、村规民约以及村民会议或者村民代表会议讨论决定的事项不得与宪法、法律、法规和国家的政策相抵触，不得有侵犯村民的人身权利、民主权利和合法财产权利的内容。
因此，村民会议或者村民代表大会决定的事项虽然符合法定的程序，但如果决定结果与宪法、法律、法规或者国家的政策相抵触，侵害了其他村民的合法利益，可以通过其他途径解决。