全部商业40年土地使用权是否会被国家收回需要分情况来看：
1.如果国家没有其他的规划，房屋业主再重新缴土地出让金，相当于续租；
2.建设用地使用权期间届满前，因公共利益需要提前收回该土地的，应当依照相关规定对该土地上的房屋及其他不动产给予补偿，并退还相应的出让金。
【法律依据】
根据《城市房地产管理法》第21条，土地使用权出让合同约定的使用年限届满，如果土地使用者未申请续期或未按法定期限申请续期，以及根据社会公共利益的需要，国家未批准其续期申请，土地使用权由国家无偿收回。
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