个人取得专利赔偿所得应按照特许使用费所得缴纳个人所得税。
特许权使用费指使用其它经济单位所有的专利权、商标权、版权或类似的专有权利的付款。
特许权使用费所得应纳税额（4000元以内）=（特许权使用费所得-800）×20%；应纳税额（4000元以上）=特许权使用费所得×（1-20%）×20%。
对于个人从事技术转让中所支付的中介费，若能提供有效合法凭证，允许从其所得中扣除。
个人所得税应纳税所得额的计算：
1、居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
2、非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
3、经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
4、财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
5、财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
6、利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得以收入减除百分之二十的费用后的余额为收入额。稿酬所得的收入额减按百分之七十计算。
【法律依据】
《中华人民共和国个人所得税法》第二条，下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。