全部刑事案件中涉及到国家赔偿的，先向赔偿义务机关申请赔偿，通称协商程序或协议程序，即由赔偿义务机关与赔偿请求人先行就有关赔偿的范围、方式和金额等事项进行自愿协商，从而达成赔偿协议，解决赔偿争议。
赔偿义务机关的确定分以下几种情形：
1、对没有犯罪事实或者没有事实证明有犯罪重大嫌疑的人错误拘留的，作出拘留决定的机关为赔偿义务机关；
2、对没有犯罪事实的人错误逮捕的，作出逮捕决定的机关为赔偿义务机关；
3、再审改判无罪的，作出原生效判决的人民法院为赔偿义务机关。二审改判无罪的，作出一审判决的人民法院和作出逮捕决定的机关为共同赔偿义务机关。
【法律依据】
《国家赔偿法》第十三条规定，赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内，作出是否赔偿的决定。
赔偿义务机关作出赔偿决定，应当充分听取赔偿请求人的意见，并可以与赔偿请求人就赔偿方式、赔偿项目和赔偿数额依照本法第四章的规定进行协商。
赔偿义务机关决定赔偿的，应当制作赔偿决定书，并自作出决定之日起十日内送达赔偿请求人。
赔偿义务机关决定不予赔偿的，应当自作出决定之日起十日内书面通知赔偿请求人，并说明不予赔偿的理由。
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