因导管内乳头状瘤的主要临床表现是乳头溢液，故应与产生乳头溢液的乳腺疾病进行鉴别，如乳腺导管内乳头状癌、乳腺导管扩张症、乳腺囊性增生症等。
1.与乳腺导管内乳头状癌鉴别
乳腺导管内乳头状癌归于导管原位癌范畴，发生于乳腺导管内。导管内乳头状癌以血性溢液为主，多为单侧单孔溢液。导管内乳头状癌若可触及肿块多位于乳晕区外，质地较硬，表面不光滑，活动度差，肿块常大于1cm，同侧腋窝淋巴结肿大。辅助检查可与导管内乳头状瘤鉴别，明确诊断应以病理学检查为准。
2.与乳腺导管扩张症鉴别
乳腺导管扩张症是一种慢性良性疾病，病程可持续数月数年之久。发病较长时间后，乳管分泌物不仅刺激导管扩张，还可溢出管外，引起管周以浆细胞浸润为主的炎症反应，故又名为浆细胞性乳腺炎。乳腺导管扩张症病情反复发作者，可出现1个或多个边界不清的肿块，多位于乳晕区，位置与导管内乳头状瘤相同但肿块较大，质地坚实，与皮肤粘连者皮肤可出现橘皮样改变，乳头回缩甚至乳腺变形，腋窝可触及肿大淋巴结。乳管造影可显示大导管明显扩张、迂曲，失去正常的树枝状影像。
3.与乳腺囊性增生症鉴别
乳腺囊性增生症是乳腺小叶、小导管及末梢导管高度扩张形成囊肿，同时伴有其他结构不良，它与单纯性增生病的区别在于该病伴有不典型增生。乳腺囊性增生症出现乳头溢液可为单侧或双侧，多为浆液性或浆液血性，纯血性者较少。乳腺囊性增生症常以单侧或双侧乳腺肿块来院就诊，肿块大，有的可累及大部分乳腺，多靠近乳腺边缘，可呈孤立的圆球形或为多发性囊性肿块。乳腺囊性增生症常出现周期性疼痛，疼痛与月经有关，月经前加重，且囊性肿块似有增大；月经后疼痛减轻，肿块亦缩小。辅助检查亦可协助与导管内乳头状瘤鉴别。
