巨细胞病毒首先在鼻粘膜腺、泪腺、或副泪腺复制，经过3-5天的复制后，迅速扩散到其它组织器官，同时开始经鼻腔向外界大量排毒，巨细胞病毒感染猪14-16天后，开始出现病毒血症和发热、倦怠、厌食，新生猪病毒血症是5-19天，巨细胞病毒感染怀孕母猪后，14-21天表现倦怠、厌食，与病毒血症期一致，怀孕母猪在感染10-15天后，开始在胎儿中复制，15-30天胎儿开始排毒，早期胎儿，因母猪感染导致大部分被胎盘吸收，形成空怀，60-80日胎龄被感染的胎儿，在胎盘内死亡形成木乃伊或死胎，80-100日胎龄被感染的胎儿，在生后7天内全身各个组织因多重感染而死亡，3周龄以上的猪感染，在鼻腔内复制后迅速扩散到上皮，尤其是鼻粘膜腺、泪腺、副泪腺和肾小管，但是睾丸、附睾及食道的粘膜较少，在胚胎和新生猪比较容易侵染嗜网状内皮细胞，尤其是毛细血管内皮和淋巴样组织的窦状腺，进而引起全身性损伤，在精液中暂时还没有分离到本病毒，在实验室感染，3周后可以检测到抗体，6周达到高峰，病毒在肝脏内复制，造成肝脏灶状坏死，病毒在肾脏分化的肾组织和肾小球毛细血管内皮复制，造成肾组织水肿发紫，病毒在整个中枢神经系统复制，使出血和胶质细胞遍及整个系统，造成其临床表现严重的神经紊乱，青年猪肉眼可见显著病变遍布全身的瘀斑，水肿最常发生在胸腔及皮下组织，在胸腔中可见心周和胸膜渗出液，肺水肿遍及全肺，肺小叶间隔严重扩张，肺小叶腹尖呈紫色并实变，在喉头及跗关节周围皮下水肿最明显，肾包膜下水肿明显，外观呈斑点状或完全发紫发黑，小肠变薄甚至有多数出血，胃呈卡它性炎症或者溃疡。
