歌舞伎化妆综合征确切的病因及发病机制尚不清楚，很多学者发现歌舞伎化妆综合征或疑似歌舞伎化妆综合征的患者有细胞遗传学的异常。
各种报道如染色体1P区段重复dupl(p13.1;p22.1)，3和10号染色体之间平衡易位t(3;10)(p25;p15)lo]，4号染色体短臂的臂内转位inv4(pl2pter)，6q部分单体综合征和12q部分三体综合征der6t(6;12)(q25.3;q24.31)，8号染色体区段重复dup8(p22p23)，13号假双着丝粒染色体Ll引，15和17号染色体平衡易位t(15;17)，(15q;21q)引，Y染色体臂间倒位inv(Y)(pl1.2ql1.23)，Y环形染色体，x环形染色体，45，x，r(x)(pl1.2q13)，r(Y)(pl1.2ql1.2)，45，X/46，x，r(x)，45，X/46，X，r(X)(pl1.2q13)¨，其中，大部分细胞遗传学异常与x染色体有关，一些学者推测Kabuki综合征可能是由于x染色体假双着丝粒区域导致。有趣是,Matsumoto等¨发现含有x染色体异常患者比不含x染色体异常的Kabuki综合征患者其相关并发症更加严重。他们推测其x环形染色体是导致类似Kabuki综合征并发症的原因，但并不是Kabuki综合征真正的病因。
资料显示大部分已报道的家系病例呈连代遗传，如母亲遗传给儿子或女儿，父亲遗传给女儿。曾经两对双胞胎病例的报道，其中一对临床表现具有一致性，而另一对则表现不同。对于后者，可能是形成合子后的突变，但也不能排除多因子遗传的影响。家系病例的讨论中，大部分学者倾向于常染色体显性遗传。
近来，应用比较基因组杂交(CGH)和荧光原位杂交(FISH)技术，Milunsky等对6例Kabuki综合征患者研究发现都显示8号染色体区段重复dup8(p22p23)，重复区域大约3.5Mb大小。这一组染色体异常在20例对照组患者没有表现，其中2例Kabuki综合征患者的母亲和1例对照组患者发现含有杂合子，亚显微机构下染色体8p23.1有倒转。基于此发现，Milunsky等¨指出8号染色体区段重复dup8(p22p23)可能为Kabuki综合征的真正病因。
到目前为止，至少1例歌舞伎化妆综合征患者应用比较基因组杂交(CGH)技术未发现任何异常，最近Miyake等报道28例典型Kabuki综合征应用荧光原位杂交(FISH)技术，在染色体8p22一p23.1区段也未发现基因重复，指出Milunsky等研究的6例患者可能并不是Kabuki综合征或恰巧是8号染色体区段重复dup8(p22p23)的Kabuki综合征患者u引，究竟8号染色体和Kabuki综合征是否有必然的联系，这还需要进一步做大量的研究工作。当然，Kabuki综合征也很有可能除了8号染色体以外，还同时包括其他染色体如x染色体异常的杂合子疾病。
许多基因异常导致的微缺失综合征群与Kabuki综合征具有相同的临床表现。如染色体22ql1(veloeardiofaeial综合征，DiGeorge综合征)的患者伴有腭裂、先天性心脏病、肾脏畸形等，这些病变在Kabuki综合征患者中都有报道。但在Kabuki综合征患者检测中未发现其22ql1区域微缺失，显然用染色体22ql1微缺失综合征的病因和发病机制解释Kabuki综合征是行不通的。vanderWoude’S综合征患者与Kabuki综合征患者也有相似临床表现，这是一种常染色体显性遗传病，主要表现为唇裂、腭裂、唇瘘、牙发育不全。但1999年，Makita等证明Kabuki综合征并不是由于染色体lq32-q41VWS1关键区域微缺失造成的。
歌舞伎化妆综合征患者一个最独特的特征是指尖突出样隆起，这一特征在FG综合征，Rubinstein—Taybi综合征，Fryns综合征和Weaver综合征患者中也有报道。但Kabuki综合征患者的特殊面容特点和以上所提到的几种综合征还是很好区分的。Turner’s综合征与Kabuki综合征也有很多共同点，包括患者大多有合并主动脉缩窄的倾向。事实上，许多学者都提到Kabuki综合征或疑似Kabuki综合征的患者，伴x染色体或45，x细胞系异常，这一点还需将来进一步研究。
总的来说，目前并无有力证据证明歌舞伎化妆综合征中任何特殊基因的异常，同时也不能肯定Kabuki综合征是一种单基因病。近亲婚配率低，同胞再现率低及男女性别比例相等，降低了常染色体隐性遗传及x连锁遗传的可能性。在已报道的近10组家系中，其遗传模式都表现为不同的常染色体显性遗传，随着更深入的研究，也许可以发现更多新的显性突变。具吸引力的假说是Kabuki综合征也属于微缺失综合征群，如Smith—Magenis综合征、Williams综合征、DiGeorge综合征、velocardiofacial综合征，这也许可以解释大多数病例散发，而个别家系中的罕见病例是由于微缺失综合征中个体或种系的嵌合现象。
从胚胎发育的角度上，有学者从其患者合并脆发症，显微镜下可见结节性脆发症，发干扭转、发径不整齐、指甲、牙齿发育不全、齿间隙扩大，圆锥形切牙等，提示其外胚层发育不全。根据指纹和指腹形成开始于胚胎的第6周，第10～12周左右完成，从而认为其发生时间可能在胚胎6～9周之间。
