甲状腺手术是安全的，有经验之外科医师可使并发症减到很低。（1）出血：会压迫气管。导致呼吸困难。故手术后要随时观察病人呼吸与伤口渗血的情况，如有呼吸困难加上引流管出血严重及任何突发性的颈部肿胀。必须紧急打开伤口。
（2）气管软骨软化：因肿瘤长期压迫气管使气管松软，曲于周围组织之支持不致塌陷。在切除甲状腺后，由于甲状腺及周围组织无法支持软化的气管，加上由吸气所产生负压使气管塌陷而造成呼吸困难。可放置气管插管支撑，等气管恢复坚固后再拔除。
（3）咽喉水肿：会产生呼吸困难，首要排除术后出血。氮管软骨软化与声带麻痹。如是咽喉水肿造成者可用吸入蒸气治疗。
（4）声带麻痹：大部份是因为手术时伤及喉返神经引起。但亦有部份原因不详。有很多声带麻痹者，会在三到六个月内逐渐适应或恢复，而使症状改善消失，因此，通常麻痹发生后先观察三到六个月，仍然有明显症状再考虑治疗。
（5）副甲状腺功能过低：病人会手脚发麻以至痉挛。大部份是因为副甲状腺的血管受到损伤所造成，引起暂时性功能过低。多半短时间内可以恢复。治疗方式，静脉滴注钙剂，症状缓解后改为口服钙剂，严重者并辅以维他命D2等。
（6）甲状腺风暴：临床上有高烧，心搏过速，心率不整，心脏衰竭。烦燥不安，颤抖，恶心，呕吐，腹泻，昏迷，血压降低，甚至死亡等症状。此及血液中甲状腺素过多而产生。必须，包括使用抗甲状腺制剂阻止甲状腺素之合成紧急治疗，口服碘剂阻断甲状腺释放甲状腺素。类固醇的使用阻止T4变成的T3，使用β交感神经接受阻断剂阻断甲状线素对周边组织的作闲，甚至使用腹膜透析或血浆去险术除去血液中的甲状腺素。另外用冰毯冷敷降低体温，氧气，毛地黄，利尿剂等治疗心衰竭，补充水份。电解质等。
（7）甲状腺功能不足：常发生在术后一年内。但亦有可能多年后才发生。可补充甲状腺以治疗之。
（8）其他：包括乳糜液泄漏，炎症等。
