病变部位组织滴虫的主要病变发生在盲肠和肝脏，引起盲肠炎和肝炎，故有人称本病为盲肠肝炎。一般仅一侧盲肠发生病变，有时为两侧。在感染后的第8天，盲肠先出现病变，盲肠壁增厚和充血。从粘膜渗出的浆液性和出血性渗出物充满盲肠腔，使肠壁扩张；渗出物常发生干酪化，形成千酪样的盲肠肠心。随后盲肠壁溃疡，有时发生穿孔，从而引起全身的腹膜炎。肝脏病变常出现在感染后的第10天，肝脏肿大，呈紫褐色，表面出现黄色或黄绿色的局限性圆形的、下陷的病灶，直径达lcm，达豆粒大至指头大。下陷的病灶常围绕着一个成同心圆的边界，边缘稍隆起。在成年火鸡和鸡，肝的坏死区可能融成片，形成大面积的病变区，而没有同心圆的边界。鸡的肝脏病变常常是稀疏的或者没有，盲肠的病变也没有火鸡那样广泛。在受害初期，盲肠壁充血和异嗜细胞浸润，这种变化可能是对细菌、组织滴虫和异刺线虫幼虫的联合反应。感染后第5～6d，在固有层和粘膜肌层之间，可见到数量众多的组织滴虫，呈灰白色淡染的卵圆型小体。同时，大量淋巴细胞和巨噬细胞浸润，异噬细胞的数量也有所增加。盲肠内有一个由脱落上皮、纤维素、红细胞和白细胞以及盲肠内容物共同组成的肠芯。肠芯最初形状不定，略带红色，大约到12d时，成为由连续一层层渗出物浓缩而成的一种分层、坚硬、淡黄色的物体。第12～16d时，盲肠组织中出现巨细胞，凝固性坏死和组织滴虫的侵害可延伸到肌层，接近浆膜。大约第17～21d，肌层中的组织滴虫减少，主要集中到浆膜层附近。大量巨细胞形成，并可能出现显著的肉芽肿，凸出于浆膜面。康复以后，陈旧的病变以分散于组织中的淋巴样中心为特征。进而可发生肠芯被排出和上皮再生，但盲肠壁异常薄，隐窝变浅。肝脏早期的显微病变出现在感染后第6～7d，在靠近肝门静脉处有成小簇的异噬细胞、淋巴细胞和单核细胞，很少见到组织滴虫。大约在10～14d，病变扩大，某些部位融合成片，淋巴细胞和巨噬细胞广泛浸润，异嗜细胞数量中等。病变中心的肝细胞坏死和崩解。在靠近病变外围区域的陷窝中可见到单独或成簇的组织滴虫。从感染后14～21d，坏死逐渐加重，结果形成只有网状物质和细胞碎片的大面积区域。在这个阶段，组织滴虫通常呈小体状出现在巨噬细胞内。如果康复，在纤维变性区和肝细胞再生处，仍保留有淋巴细胞性病灶。
