与其他系统疾病不同，男性不育不是单一的特异性疾病，而是由多种病因导致的男性生殖器，包括内外生殖器和性腺轴不同水平的异常，最终表现为生育力下降或丧失的综合病症。正因为如此，对于男性不育症不可能用一种特效的药物或方法，治愈各种不同病因所致的男性不育症。相反，由于目前还未能认清全部男性不育的病因，因此，也就尚无肯定有效的治疗方法用于临床。目前在临床有一定疗效的治疗方法是：
(1)内分泌治疗：主要应用长效庚酸睾酮治疗促性腺激素低下的性腺功能低下症；溴隐亭治疗高泌乳素血症；克罗米芬治疗少精子症以及 HCG和HMG合用治疗促性腺激素低下症。
(2)生殖道炎症的治疗：目前主张联合应用抗生素与抗炎类药物，治疗的效果较好。
(3)免疫治疗：应用外科手术切除生殖管道局部的损伤病灶，减少抗精子抗体的产生，同时使用免疫制剂，可取得较好疗效。
(4)外科治疗：近年应用显微外科技术治疗男性生殖系疾病，是男性不育诊治技术的主要进展。现已广泛用于临床的有：输精管的显微外科吻合术、附睾管与输精管的显微外科吻合术。
(5)人工授精：应用各种物理和生物化学技术处理精液，提高精子受孕能力，进行夫精人工授精 (AIH)。应用精液冷藏技术，对无精子症患者给予供精人工授精(AID)，但实际应用中对于供精者的选择等尚有许多复杂问题。
(6)原因不明的不育症的治疗：目前除了已经明确了病因而且有一定治疗方法的男性不育症外 ，尚有许多原因不明，诊断不明确的少精子症和弱精子症，统称为原因不明的男性不育症。此种情况的治疗方法繁多，但疗效均不肯定，归纳有：激素、抗生素、甲状腺素、维生素、微量元素、氨基酸等药物以及中草药治疗，同时辅以劝告病人避免烟酒，防止精神紧张、过度疲劳以及保持正常营养和规律的生活习惯等。
