肛瘘的治疗，分为非手术治疗和手术治疗。药物治疗主要控制感染，减轻症状，控制发展，但不能彻底治愈，或一时相对治愈，很容易复发。治疗肛瘘唯一有效的方法是手术疗法，手术的治疗目的是为了清除感染的肛门腺，将瘘管内感染的异物清除，这是治疗的关键。但对于侵犯肛门括约功能，特别是对病变累及肛门直肠环的肛瘘，在治疗上一定要正确处理，以免肛门失禁后遗症的产生。
药物治疗：用于治疗肛瘘的急性炎症，由于致病菌多为大肠杆菌、变形杆菌、结核杆菌。
外洗药物：高锰酸钾坐浴，或用中药祛毒汤熏洗。
外用软膏：急性炎症期。
切开缝合法：此种方法是将病变组织彻底切除后，将创面缝合，若处理恰当，效果较好，适用于管道较长的低位单纯性肛瘘。
肛瘘切除术：切开瘘管并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面不予缝合;若创面较大，可部分缝合，部分敞开，填入油纱布，使创面由底向外生长至愈合。适用于低位单纯性肛瘘。
挂线疗法：是利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。此法还具有操作简单、出血少、换药方便，在橡皮筋脱落前不会发生皮肤切口黏合等优点。
