1、手术治疗
横纹肌肉瘤以手术切除为主，切除范围包括肿瘤所在处的全部肌肉。对胚胎型横纹肌肉瘤，除切除外还应联合化疗及放疗以缓解症状；多形性横纹肌肉瘤对化疗及放疗治疗无效。
对肿瘤进行活组织切片检查示，完全手术切除横纹肌肉瘤后的效果较好。只有10%的病人的横纹肌肉瘤能被完全切除。即使对完全切除的病人，因为横纹肌肉瘤极易转移，化疗和放疗也很有必要。
手术时，需对肿瘤区域的淋巴结进行活组织切片检查。对头颈部的横纹肌肉瘤进行完全手术切除，须经耳鼻喉科医生、整形科医生、上颌面科医生和神经外科医生会诊。如果完全切除影响到面部的容貌及其功能，那么手术就会延后，直到化疗和放疗的疗程结束。是否进行第二次面部手术，取决于手术部位及化疗、放疗的效果。
横纹肌肉瘤手术切除的基本要求是进行活组织切片检查。活组织切片检查的形式基于医疗成像结果、肿瘤部位及大小、病人年龄及健康状况以及医生的经验。手术时完全切除肿瘤的目的是为了避免二次手术。
2、化学治疗
横纹肌肉瘤不能完全切除时，病人都须进行化疗。化疗能彻底消灭残留的肿瘤。即使肿瘤似乎已完全切除，化疗仍有必要。
细胞毒素性化疗药物有很多，多数采用静脉注射。用于已完全切除的胚胎型横纹肌肉瘤的主要药物是长春新碱和更生霉素，环磷酰胺也常用于Ⅱ类和Ⅲ类肿瘤。
异环磷酰胺能杀死横纹肌肉瘤细胞，有望提高Ⅳ类患者的生存率。化疗药物也可杀死一些正常细胞，会引起副作用。副作用包括脱发、恶心、呕吐、食欲不振、疲劳、贫血以及易受感染。大部分副作用在停止用药后会消失，某些药物会永久损害卵巢和睾丸中的细胞，以至很难甚至不能生育。环磷酰胺或异环磷酰胺对肾脏和膀胱的损害也是永久性的。
