西药治疗：西药治疗尖锐湿疣、生殖器疱疹主要是第一代、第二代抗病毒产品，例如，更昔洛韦、干扰素和白介素之类的口服激素西药。这些药品跟不上HPV、HSV病毒变异的步伐，病毒对这些药物已经产生耐药性，疗效有限，且对患者肝肾功能损伤较大，很容易复发。
激光治疗：这也是一种最常见的治疗方法，在医学上会用激光治疗皮肤性病，对治疗尖锐湿疣、生殖器疱疹也最常用。激光治疗的特点是见效快，在治疗的当时，疣体、病兆体即可脱落。常用的是二氧化碳激光，烧灼疣体、病兆体，但只适合面积小的尖锐湿疣、生殖器疱疹。
