原发性男性性病生殖器疱疹的潜伏期2～7天，原发损害是１个或多个小而瘙痒的红丘疹，迅速变成小水疱，3～5天后可形成脓疱，破溃后形成糜烂、溃疡、结痂，伴有疼痛。皮损单发或融合，男性好发于龟头、冠狀溝、男性生殖器体或尿道口，常伴有发热、头痛、乏力、肌痛、腹股沟淋巴肿大和压痛。症状不间断1～2周，一般3～4周皮损结痂、愈合。
生殖器疱疹潜伏期后，男性龟头、男性生殖器、尿道口、阴囊和大腿、臀部等处出现灼热感或刺痛，随即出现红斑伴群集瘙痒的小红丘疹并迅速变为多发性水疱，亦可变成脓疱。3~5天后小疱破溃，形成糜烂或溃疡，而后结痂痊愈，病程约10~25天。自觉局部灼热感、瘙痒、疼痛明显，并可有排尿困难(常常并发膀胱炎)及步行困难。这是由于局部冲血水肿所致。
男性原发性生殖器疱疹常并发淋巴血管炎，淋巴炎和精囊炎,专家还提示，直肠肛部疱疹病毒感染发生在男性同性戀者。患者肛部直肠疼痛，肛部有分泌物，大便时有里急后重感。
