潜伏期较长：约为三个月之内，在此期间，由于女性生殖构造不同于比男性，所以较为难以察觉，女性生殖器疱疹症状为局部瘙痒、疼痛。其中，有少数病人无症状，如果生长部位发生在女性生殖道内、尿道内、宫颈等处，则更加不容易发觉，进而影响了治疗的时间，甚至在潜伏期内还可能会传染到更多的人，所以生殖器疱疹对女性的危害是显而易见的。
癌变：生殖器疱疹病情久久得不到治疗极有可能会转为癌疾，但发生率极低，主要是治疗不当所致，其中，生殖器疱疹最有可能引起的癌变是女性的宫颈癌。宫颈癌前病变即宫颈不典型增生，这些癌前病变可存在多年。宫颈癌是可以预防和治疗的但如果被庸医误导，或者自身不及时发现防治，其后果都是可想而知的，女性生殖器疱疹患者还是要尤为注意的。
生殖器疱疹也会影响生育能力，孕妇患者在分娩时，通过产道的婴儿可能被传染，引起婴幼儿的咬吸道疣。再者，通过直接接触或被污染的物品的间接接触，可以导致眼结膜的乳头状瘤和口腔粘膜的乳头状瘤。
