实验室有机废水常含有有机溶剂，有机酸，醚类，多氯联苯，有机磷化合物，酚类，石油类，油脂类物质。相比而言，有机废水比无机废水污染的范围更广，带来的危害更严重。
实验室有机废水处理方法可以借鉴其它有机废水的处理。对于有机物浓度高、毒性强、水质水量不稳定的实验室废水，生物法处理效果不佳，而物化法对此类废水的处理表现出明显的优势。有机废水的处理方法主要有物理化学处理法和生物处理法。物化处理法是应用物理化学作用及其原理将废水中的污染物成分转化为无害物质，使废水得到净化的方法。如光化学混凝法、氧化—吸附法、焚烧法、萃取法、湿式催化氧化法、电化学法和膜分离法等。单独利用物化法处理高浓度有机废水，不仅处理难度大、成本高，并且处理效果也不够好，一般很少单独使用。生物处理法是利用生物降解水中的污染物质作为自身的营养和能源，同时使废水得到净化的方法。实验室有机废水量较小，所以通常将多种工艺组合为一体制造成为实验室废水处理设备。