比起外管腔系,循环系疾病中感染性疾病较少。但许多全身性感染中都有个血行播散阶段。感染中的皮疹常是病原体侵及血管的表现;主要侵犯内皮细胞的病原体有利克次氏体。感染还常通过免疫机制伤及循环系统。例如抗原抗体复合物沉积在血管引发炎性反应,可造成损伤如各种脉管炎,若沉积在肾小球则造成肾炎。但最典型的例子还是革兰氏阴性菌内毒素造成的败血症性休克。内毒素可作用于内皮细胞细胞膜导致产生前列腺素和白细胞三烯,内毒素还可激活补体系统,这两者都吸引炎性细胞而造成内皮细胞损伤。内毒素还可激活凝血系统,在微循环中出现大量小血栓,这又引起继发性纤维溶解现象,最后因凝血因子和血小板的耗竭及纤溶蛋白性降解产物的抗凝作用而导致广泛出血(称弥漫性血管内凝血)。