为明确诊断，指导治疗或判断预后，而又无穿刺禁忌证时，内科各种原发、继发及遗传性肾实质疾病(尤其是弥漫性病变)皆可肾穿刺。
⑴原发性肾脏疾病:①急性肾炎综合征，肾功能急剧坏转、疑急进性肾炎时，应尽早穿刺;按急性肾炎治疗2~3月病情无好转应做肾穿。②原发性肾病综合征，先治疗，激素规则治疗8周无效时肾穿刺;或先穿刺，根据病理类型有区别的治疗。③无症状性血尿，变形红细胞血尿临床诊断不清时，无症状性蛋白尿，蛋白尿持续>1g/d诊断不清时应做肾穿刺检查。
⑵继发性或遗传性肾脏病:临床怀疑无法确诊时，临床已确诊，但肾脏病理资料对指导治疗或判断预后有重要意义时应做肾穿刺。
⑶急性肾功能衰竭:临床及实验室检查无法确定其病因时应及时穿刺(包括慢性肾脏病人肾功能急剧坏转)。
⑷移植肾:①肾功能明显减退原因不清时，②严重排异反应决定是否切除移植肾;③怀疑原有肾脏病在移植肾中复发。
肾穿刺是一种创伤性检查，选择穿刺病例时不但需掌握好适应征，还要认真排除禁忌征。
⑴绝对禁忌证:①明显出血倾向，②重度高血压，③精神病或不配合操作者，④孤立肾，⑤小肾。
⑵相对禁忌证:①活动性肾盂肾炎、肾结核、肾盂积水或积脓，肾脓肿或肾周围脓肿。②肾肿瘤或肾动脉瘤。③多囊肾或肾脏大囊肿。④肾脏位置过高(深吸气肾下极也不达十二肋下)或游走肾。⑤慢性肾功能衰竭。⑥过度肥胖。⑦重度腹水。⑧心功能衰竭、严重贫血、低血容量、妊娠或年迈者。
