昆山腔在明代万历之前，还只是流行于吴中的“小集南唱”的清曲。这种“清柔婉折”的昆山腔之变革发展，是在明代中叶以后。在嘉靖（1522一1566）、隆庆（1567一1572）年间，江西豫 章（南昌）人魏良辅（字尚泉、一字上泉）流寓太仓南关（元代时昆山所辖）。
  魏良辅原是个北曲清唱家，到吴中后，又致力于南曲。他认为当时的一些南曲唱腔“率平直无意致”（行腔简单，或节奏拖沓），于是以原昆山腔为基础，参考海盐、余姚等腔的优点，并吸收了北曲中的一些唱法（应即是“抑扬顿挫，索纤牵结，停声、偷吹、依腔、贴调”等有装饰色彩的润腔手法，以及用不同音色塑造人物性格、情感的演唱技巧），并与善吹洞萧的张梅谷，工（扌厌）管的谢林泉，以及张小泉、周梦山、季敬坡、戴梅川、包郎郎诸人结成在艺术上有共同见解和理想的创作集体，把昆山腔作了很大的改革与发展。
  魏良辅非常讲求唱法上的吐字、过腔、收音，每有所得必往南关老唱家大仓户侯过云适处请教，求得首肯，多次反复修改不厌。同时，河北的北曲弦索名家张野塘，以罪发配太仓卫，被魏良辅以善歌之女招为婿，他协助魏“更定弦索音节，使与南音相近。并改三弦（形）式，身稍细而其鼓圆，以文木制之，名曰弦子（即昆曲及弹词中所用的“南弦”）。
  它与曲笛、怀鼓、提琴（民族拉弦乐器），并为昆曲的特色伴奏乐器。这种新腔的特点是清柔婉转，“调用水磨，拍捱冷板。声则平上去入之婉协，字则头腹尾音之毕匀，……启口轻圆，收音纯细。”成为集南北曲之大成的新声，“腔曰‘昆腔’”，曲名‘时曲’”。但这时的昆曲仍是清唱，尚未能体现剧本，形诸舞台。
   
昆曲由清唱搬上舞台，成为戏剧，则是由梁辰鱼的《浣纱记》开始。昆山梁辰鱼（1519-1591）号少白、又号仇池外史，著名戏曲作家，精诗词，通音律。魏良辅改腔的成就使他颇受鼓舞，他经常设特大坐榻和桌案，自己西向坐，教人歌曲，学者列序两旁。著名的歌儿舞女没有得到梁的亲授，皆自以为不祥。
  但他还觉得这样的新腔不应只局限于曲坛清歌，必须扩展到舞台之上占有更广阔的天地、于是与精通音理的郑思笠、陈梅泉、唐小虞诸人，“考订元剧，自翻新作”，并发挥文学优势写作了以西施为主要人物的《浣纱记》传奇，从音乐方面弥补了水磨调“冷唱”的不足，同时把传奇文学与新的声腔。
  和表演艺术综合在一起，借锣鼓之势与舞台之场面形态，第一次将昆曲搬上剧坛。这种从原始的昆山腔发展成为昆曲，再进一步登上舞台，即是这个声腔定型和成熟的过程。自万历初年，昆曲很快地扩展到江、浙各地，成为压倒其它南戏声腔的剧种。随之由士大夫带进北京，与弋阳腔并为玉熙宫中大戏，当时称为“官腔”。
  从此，昆曲俨然成了剧坛的盟主，数百年来，对许多剧种的舞台艺术，产生过深厚的影响。 
清末民初，陈彦衡《旧剧丛谈》对昆曲与京剧的关系，已经作过分析。如下： 
　　今日之皮黄（按：指京剧）由昆曲变化之明证厥有数端，徽、汉两派唱白纯用方言乡语；北京之皮黄平仄阴阳、尖团清浊分别甚清，颇有昆曲家法，此其一证也。
  汉调净角用窄音假嗓，皮黄净角用阔口堂音，系本诸昆腔而迥非汉调，此其二证也，……徽班老伶无不擅昆曲，长庚、小湘无论矣，即谭鑫培、何桂山、王桂官、陈德霖亦无不能之。其举止、气象皆雍容大雅，较诸徽、汉两派，判若天渊，此又由昆曲变化的确实证据。 
　　显然，陈彦衡列举的证据，都是昆曲的演唱形式和演员采用这种形式的基础。
  可见，京剧的形成，同样是“四方歌者皆宗吴门”的体现。如果说，徽调的形成是“宗吴门”的结果，那么，京剧的形成就是昆曲的回归，标志着昆、徽、京三个发展阶段的终止。从此，新剧种的诞生，不再是原来剧种的形式衍变，而是直接衍变于本地曲艺，中国戏曲发展也进入近、现代地方戏曲阶段。
  
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