先天性感染常有多系统器官受损或以下1种或多种表现不同组合形式。黄疸（直接胆红素升高为主）和肝脾大最常见。可有血小板减少性瘀斑，中枢神经系统受累如小头畸形、脑室扩大伴周边钙化灶、感音神经性耳聋、神经肌肉异常、惊厥和视网膜脉络膜炎。外周血异形淋巴细胞增多，脑脊液蛋白增高和肝功能异常。常见腹股沟斜疝等畸形。感音神经性耳聋发生率在症状性感染高达25%-50%，可呈晚发性或进行性加重。
HCMV肝炎多见于婴幼儿期原发感染者，可呈黄疸型或无黄疸型或亚临床型。有轻~中度肝大和质地改变，常伴脾大；黄疸型常有不同程度的胆汁淤积；血清肝酶轻~中度升高。轻症有自愈性。
HCMV肺炎多见于6个月以下原发感染的婴儿。多无发热，可有咳嗽、气促、肋间凹陷，偶可闻及肺部罗音。影像学检查多见弥漫性肺间质病变，可有支气管周围浸润伴肺气肿和结节性浸润。可伴有肝损害。
输血后综合征多见于新生儿期输血后原发感染者。临床表现多样，可有发热、黄疸、肝脾大、溶血性贫血、血小板减少、异常淋巴细胞增多。常见皮肤灰白色休克样表现。可有肺炎征象，甚至呼吸衰竭。在早产儿，尤其是极低体出生体重儿病死率可达20%以上。
单核细胞增多症样综合征（类传染性单核细胞增多症）：多为年长儿原发感染表现，婴幼儿期也可发生。有不规则发热、不适、肌痛等，全身淋巴结肿大较少见，渗出性咽炎极少，多在病程后期（发热1~2周后）出现典型血象改变（白细胞总数达10×10∧9~20×10∧9/L，淋巴细胞比例>50%，异常淋巴细胞比例>5%）；90%以上血清肝酶轻度增高，仅约25%有肝脾大，黄疸极少见。
免疫抑制儿童的症状性感染原发感染和再发感染都易发生。最常表现为类传染性单核细胞增多症，但异常淋巴细胞少见。部分因免疫抑制治疗有白细胞减少伴贫血和血小板减少。其次为肺炎。肝炎在肝移植受者常与急性排斥反应同时存在，以持续发热、肝酶升高、高胆红素血症和肝衰竭为特征。肾移植受者可发生免疫复合物性肾小球肾炎。胃肠炎常见于艾滋病及骨髓、肾和肝移植受者。还可发生脑膜脑炎、脊髓炎、周围神经病和多发性神经根炎等神经系统疾病。
