我国的湖泊湿地分布主要划分为五大区域，即：
（一）东部平原地区湖泊主要指分布于长江及淮河中下游、黄河及海河下游和大运河沿岸的大小湖泊，是我国湖泊分布密度最大的地区之一，总面积为22900平方公里，约占全国湖泊总面积的28。1%，湖泊率为2。
4%。我国著名的五大淡水湖—鄱阳湖、洞庭湖、太湖、洪泽湖和巢湖即位于本区。该区湖泊水情变化显著，生物生产力较高。由于人类活动影响强烈，本区湖泊数量和面积锐减，湖泊水体富营养化和水质污染有逐渐加重的趋势。
（二）蒙新高原地区湖泊地处内陆，总面积为16400 平方公里，约占全国湖泊总面积的20。
1%，湖泊率为0。6%。该区气候干旱，降水稀少，地表径流补给不丰，蒸发强度较大，超过湖水的补给量，湖水不断浓缩而发育成闭流类的咸水湖或盐湖。
（三）云贵高原地区湖泊全系淡水湖，湖泊总面积为1200 平方公里，约占湖泊总面积的1。
5%，湖泊率为0。3%。区内一些大的湖泊都分布在断裂带或各大水系的分水岭地带，如滇池、抚仙湖、洱海等。由于入湖支流水系较多，而湖泊的出流水系普遍较少，故湖泊换水周期长，生态系统较脆弱。
（四）青藏高原地区湖泊是地球上海拔最高、数量最多、面积最大的高原湖群区，也是我国湖泊分布密度最大的两大稠密湖群区之一。
本区湖泊总面积为36899 平方公里，约占全国湖泊总面积的45。2%，湖泊率为2%。本区为长江、黄河和澜沧江等水系的河源区，湖泊补水以冰雪融水为主，湖水入不敷出，干化现象显著，近期多处于萎缩状态。该区以咸水湖和盐湖为主。
（五）东北平原与山区湖泊多系外流淡水湖，主要分布在松辽平原和三江平原，由于地势低平、排水不畅，发育了大小不等的湖泊。
此外，丘陵和山地还有火山口湖和堰塞湖。本区湖泊总面积3800 平方公里，约占全国湖泊总面积的4。6%，湖泊率为0。3%。
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