行政事业会计制度和企业会计制度下的会计要素、会计科目、会计平衡等式、损益结转、年结和会计报表均有所差异，在会计软件的功能实现上也有所不同，具体表现如下。
（一）在会计要素方面
会计要素是对会计核算对象的基本分类，是构筑会计报表的组件，通常由资产、负债、所有者权益、利润、收入和费用组成，但在不同行业会计中其会计要素有所差异。
在政府会计信息系统和企业会计信息系统的数据展现上要体现各自的特点，分别按各自的名称进行处理和查询。
（二）在会计科目方面
行政事业单位和企业单位的财务核算对象有差异，在会计科目方面是不相同的。以行政事业单位为例，实行财政国库管理制度改革后，行政事业单位会计科目的变动主要有：1。
在资产类增设“零余额账户用款额度”会计总账科目（事业单位编号为103，行政单位编号为107），对财政授权支付、预算单位根据代理银行盖章的《授权支付到账通知书》与分月用款计划核对后记账。2。资产类“银行存款”科目，核算内容改变为预算单位的自筹资金收入、以前年度结余和各项往来款项。
3。在事业单位的“财政补助收入”科目和行政单位“拨入经费”科目下，设置二级科目“财政直接支付”和“财政授权支付”。与此相应的会计分录和账务处理也不同。4。预算单位有些支出项目实行政府采购并需要单位自筹配套资金时，在“暂付款”（行政单位）及“其他应收款”（事业单位）的相应科目下设“政府采购款”明细科目进行明细分类核算等。
这些核算业务都与企业会计核算有较大区别，因此政府会计信息系统和企业会计信息系统需要分别提供相应的会计科目数据，满足政府会计核算和企业会计核算的管理需求。
（三）在会计平衡等式方面
由于行政事业单位和企业单位会计核算对象的不同，会计平衡等式也出现了差异。
因此，政府会计信息系统和企业会计信息系统在提供账证、账账等对账功能时，分别按不同的会计平衡等式计算。
（四）在损益结转方面
由于行政事业单位和企业单位会计科目不同，相应的，在期间结转损益时，转出和转入科目也会不同。
如，企业转入科目是本年利润，而事业单位会分别转入事业结余和经营结余。因此政府会计信息系统和企业会计信息系统在提供损益结转功能时，分别结转到不同的会计科目，产生不同的损益结转凭证。
（五）在会计报表方面
不同行业会计中对会计报表的要求和内容也会有所不同。
如，2007年1月1日在上市公司实行的新《企业会计准则》要求企业提供的会计报表有资产负债表、损益表和现金流量表等。根据《行政事业单位财务制度》的规定，行政事业单位需要提供资产负债表、收入支出总表和收入支出明细表等。因此，需要政府会计信息系统和企业会计信息系统分别提供不同的会计报表模版和报表数据。
二、组成内容上的差异
（一）企业会计信息系统
企业会计信息系统利用计算机技术完成相关的财务核算工作，并在此基础上向企业管理者提供会计和财务信息，进行辅助决策。企业会计信息系统要处理的业务主要涉及：在企业发生销售、采购等业务后，对应收应付财务信息进行账务处理；在企业发放工资、固定资产变动、存货变动后进行账务处理；对成本费用进行核算分摊，对核算后的信息定期提供财务报表。
企业会计信息系统的一般处理流程
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企业会计和政府会计有何不同
政府会计是以预算管理为中心，以经济和社会事业发展为目的，以预算收支核算为重点，用于核算社会再生产过程中属于分配领域中的各级政府部门、行政单位、非营利组织预算资金运动过程和结果的会计体系。
企业财务会计与政府会计的区别主要在三方面： 1。核算主体的微观性 2。核算过程的复杂性 3。核算目的的营利性 (一）组织目标不同：政府会计提供公共物品，具有非营利性。 （二）核算内容不同：政府与非营利组织会计核算、监督一预算为基础，以预算收支为主要核算内容。
（三）核算原则不同：政府与非营利组织会计掌握和拥有资源会因外部或内部特定目的需要而受到限制，会计核算要求在资产总额等于负债与净资产总额基础上，强调固定基金与固定资产总额对应，强调专款专用。 （四）会计处理基础不同：会计处理基础是对收入或支出的确认与记录的标准。
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