全飞秒激光近视手术耗材费用高
由于全飞秒激光机本身高成本以及手术时使用的昂贵耗材，使全飞秒激光手术的价格较普通LASIK手术的价格贵。在国外，全飞秒激光LASIK的费用高，而相比之下，国内全飞秒激光的价格还低太多。
全飞秒激光对手术医生要求高
全飞秒激光手术中，医生不仅需要娴熟的技术经验，还要保持良好的职业状态，以便处理手术过程中各种复杂的个体差异问题，从而提高每个患者的手术质量。手术对医生的心理素质、专业能力和手术经验等方面的要求都高。因此，训练有素、技术熟练、经验丰富的手术医生手术能否成功的重要基础。手术医生的经验对手术的安全性具有决定性意义。
全飞秒激光手术室环境要求高
由于全飞秒激光手术先进，故对手术环境要求高。有无层流净化手术室衡量医院否现代化的重要指标之一，也全飞秒激光设备的必需条件。在无尘无菌、温度、湿度和室内压均保持恒定的层流净化环境中，不仅能避免手术感染，先进的手术设备才能保持性能稳定的状态。
