肛瘘又称“肛门直肠痿”，大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道，引流不畅不易愈合，日久后腔道周围有许多疤痕组织，形成慢性感染性管道 肛瘘形成初期是以脓肿、炎症为主，炎症消退，瘘道逐渐形成，局部症状逐渐减轻，但复发性肛瘘或有急性感染时，局部有明显的炎症反应，并伴有全身症状。
（1）肛门周围流脓液及粪水：是肛瘘的主要症状，脓液多少与瘘管长短和多少有关，新生成的瘘管，炎症反应大，流脓较多，脓液黏稠、黄色、有臭味；时间长久的排脓较少，或时有时无，脓液白色，稀淡如水；如忽然脓液增多，表示有新管生成。有时瘘口暂时封闭，不排脓液，可出现局部脓肿或体温上升，封闭的瘘口又排便。有时外口可排气体和粪便。内痔常有脓血由肛门排出，由于脓性分泌物不断反复流出，患者常感到肛门处湿润、内裤不敬，给生活带来很大麻烦。与其他器官相通的瘘管有特殊症状；
（2）排便不畅：复杂性肛瘘口久不愈，可引起肛门直肠周围形成大的纤维化瘢痕或环状的条索，影响肛门的舒张和闭合，大便时感到困难，有便意不尽的感觉；
（3）瘙痒：由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹；
（4）疼痛：瘘管畅通无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。肛瘘疼痛与内痔疼痛的区别内痔时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛；
（5）全身症状：在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热，或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。
