食物的消化由消化系统内各个器官共同协调完成，具体的运行方式如下。
食物进入口腔后，经牙齿的磨碎和舌的搅拌，进行初步的机械性消化。接下来，食物被吞咽，经食道进入胃肠，胃肠肌肉将大块食物变得碎小，使消化液与食物充分混合，并推动食团下移直到肛门。在此过程中，消化液会进行一系列化学分解，将各种复杂的营养物质分解为肠壁可以吸收的简单的化合物，如糖类可分解为单糖，蛋白质可分解为氨基酸，脂类可分解为甘油及脂肪酸，然后这些分解后的营养物质被小肠吸收，进入血液和淋巴液。
上述消化过程中的消化液，是由消化腺分泌的。唾液腺可以分泌唾液淀粉酶，能使淀粉分解成为麦芽糖；胰腺可以分泌消化酶，消化酶由胰腺腺泡产生，经各种小管汇集到主胰管，与胆管汇合后再与胆汁一并流入十二指肠，这些酶能消化蛋白质、碳水化合物和脂肪。胰腺还分泌大量的碳酸氢盐，中和从胃来的盐酸从而保护十二指肠；肝脏是人体中最大的腺体，也有一定的消化功能，胆汁就是由肝细胞分泌的。胆汁经胆小管，流入左右肝管、肝总管，再经胆总管流入十二指肠。一般认为，胆汁中不含消化酶，胆汁的消化功能主要是通过胆盐的作用实现的，它可以激活胰脂肪酶，促进脂肪的吸收，还可促进脂溶性维生素A、维生素D、维生素E、维生素K的吸收。
在不同的年龄阶段，人的消化系统会存在不同。婴幼儿食管、胃肌肉发育未臻完善，易发生呕吐和溢乳。但他们的肠管较长，总长度约为其身长的6倍，成人仅为4倍。由于肠壁肌层发育不全，肠蠕动力量较小，婴幼儿也易发生便秘。进入成年后，人体消化系统的功能日趋完善。但随着年龄的增加，尤其是进入老年期后，各种功能逐渐衰退。首先，人的咀嚼功能会逐渐减退，胃的蠕动、胃张力、排空速度亦减弱，小肠、大肠均会萎缩，收缩力降低，老年人退化尤其显著，易导致消化功能减退、便秘等。老年人的消化液分泌也会减少，对食物的吸收利用功能也会慢慢减退，可造成相应的营养素的缺乏。
