肝胆病变以胆管周围炎和肝脏脂肪变性为多见,其次有坏死性肝硬化、肝门纤维化和慢性活动性肝炎,很少有肝脓肿、门静脉炎、淀粉样变性和肉芽肿性肝炎。肠道并发症有:①肠梗阻:是由于病变肠段纤维化、瘢痕形成和炎症水肿所引起,约见于25%的病人;②瘘管形成:内瘘在小肠结肠同时受累时发生率较高,外瘘多数发生于手术后;③肛周病变:有肛周炎、肛裂、肛瘘、肛周溃疡、肛周脓肿等;④消化道出血:小肠局限性病变者多为隐血,结肠病变或广泛小肠病变者以血便为主,少数病例可有大出血;⑤肠穿孔:罕见;⑥中毒性巨结肠:病人可出现大量腹泻、恶心、呕吐、腹痛、腹胀、毒血症等;⑦癌变及假性息肉:约1%的病人可并发结肠癌;⑧吸收不良综合征:最常见的是脂肪、脂溶性维生素和维生素B12 吸收不良,也可有蛋白质、电解质、叶酸、钙、镁、锌等吸收不良,吸收不良的原因主要是远端回肠功能失常,胆盐吸收障碍,以及小肠襻内细菌过度繁殖而致胆盐分解等。