各高校在自考生报名入学后，对其档案的迁移并无明确要求，因此很多高中毕业后直接参加自学考试的学生，对其学习期间的档案毕业时该何去何从一无所知，但又担心是否会对未来的就业产生影响，这就要从自考生的学籍档案该如何归入人事档案来说起。 因自考生的社会身份各异，自考学生在学习期间的档案统称为“学籍档案”，自考是社会性考试，考试机构只负责考生的学籍管理，不负责人事档案管理。
自考生从注册报考开始，就已在市自考办的系统中自动生成了其学籍档案，并长期有效，当该生通过所学专业的各科目考试并成绩合格后，即可申请毕业（自考办或相关教育部门不负责通知自考生办理毕业时间），自考办根据自考生的申请会通知学籍档案办理具体时间（每年二次，具体时间各地自考办自主）及必需携带资料。
在初审合格后，相关部门将发给该生一份《毕业生登记表》，毕业生本人如实填报此表，在相关部门签署意见后，送交所在市自学考试工作委员会和省考委审核。 审核合格者，由省、自治区、直辖市考委颁发相应的毕业证书，主考学校在毕业证书上签署。 毕业生的学籍档案材料由省自学考试办公室送毕业生所在单位组织、人事或劳动部门存入本人档案。
很多高校在自考生毕业时，也会将其学籍档案密封后交学生本人，让其带回户籍所在地后，交由档案管理部门存入个人档案。
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