诊断性和治疗性ERCP最常并发胰腺炎，胆管炎。出血及十二指肠穿孔在诊断性ERCP中少见，而在治疗性ERCP可见。在ERCP检査者中胰腺炎的并发症为1%-5%，其原因有多种，大量造影剂进入主胰管可能是主要因素。用于ERCP的造影剂是高渗碘剂（-1500量0s量/kg)。但研究还未发现低渗性或无碘造影剂这种昂贵替代品有多大益处。胆管梗阻近端注入造影剂后,常并发胆管炎。未适时引流以缓解梗阻，更易引发胆管炎。近端恶性狭窄的病人比远端狭窄者更易并发术后胆管炎。那些行多次造影者,即多次检査以确诊或内窥镜引流，并发胆管炎的危险性更高。梗塞性黄疸做逆行胆管造影前，小心起见常服用广谱抗菌药，但其不能替代最后的引流。适当灭菌及内窥镜及附件的处理也是必不可少的。假单胞菌胆道败血症与污染的器具有关。乳头切除后出血是公认的治疗性ERCP的并发症，发生率为1.5%-5%,可在术中发现戎术后几天或更长时间才发生。用混合电流缓慢控制切割，小心放S定位线圈，可减少出血的可能性。穿孔的发生率为1%,常在检查中发现，必须单独处理，但不是所有穿孔需立即外科探査,对怀疑或确诊穿孔苦，应考虑放置鉍胆管。做乳头切除术以治疗结构异常，但若发生穿孔，内窥镜操作者也不能顺利地进行取石或放置支架。感染的胆汁成分可直接引流至管外，引流可限制腹膜后感染。用分胆管排空和胃肠外抗菌治疗，很容易使穿孔闭合。引流应持续到最后治疗时。过度麻醉是ERCP的-种潜在并发症，可发生于所有注射镇静/止痛药的GI内窥镜检查中。胃内容物吸入很少见，但也可发生。病人长时间俯卧时，助手注意力可能集中于检查工作而忽略此点。若在内窥镜通路的始端，发现有意义的胃内容物而继续检査，发生吸入的危险性较大。对危重病例，洗胃及提高助手咎惕性是很有益的。
