如果分公司和总公司之间是独立核算的，可以相互开发票，但开发票的时候，要注意按市场公允价格来计算劳务、商品的价值，不能按自己的需要来计算，这交关联交易。如果关联交易与市场交易相差太多，税务机关有权按市场交易来调整。 至于所得税的汇算清缴，如果在分公司和总公司之间独立核算的情况下，可以分开汇算，但分公司和总公司之间的关联交易是税务机关的调整重点。 如果相互之间不是独立核算的，而且又是在同一个区域内（县、区以下的行政区域），或者经税务机关审批同意汇总缴纳的，可以汇总来汇算企业所得税，但总、分公司之间的交易，一般不得开发票，如果属于跨区域调拨货物等增值税视同销售行为，才能开发票。
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