阴阳五行学说在中医学里的应用是十分广泛而深入的，它贯穿渗透在整个中医学的生理、病理、诊断、治疗甚至一些有关术语之中。比如生理上的脏属阴、腑属阳、血属阴、气属阳；病理上的阴虚与阳虚；
诊断上的阴证与阳证，一些疾病比如黄疸的阳黄、阴黄；水肿的阳水、阴水等等；治疗上的养阴与助阳。……甚至生活用语的“阴阳怪气”、“阴差阳错”、“大动肝火”等等都是用了阴阳五行学说的观念。
总之，它把整个中医学的内容都用阴阳五行分类贯穿起来了，其中的阴阳，更是整个理论的总纲。有了这个总纲，便可以执简驭繁，层层深入了。例如：比如一个病人来了，先是“望诊”（即观察病人的神色形态和舌质舌苔的变化）——如果病人满面红光、精神偏于亢奋激动，说话有力及动作轻捷等等时，那么你就可先立下一个印象：这个病人将是属于中医所谓“阳证”的病人。如果伸出舌头一看，舌质（舌头的质地）又是比平常红的，一切脉，又是比常人快的，那么可以证实这病人是“阳证”无疑了。那你就应该选用属于“阴性”的药物和方法。另外，如果病人是一脸灰暗，神疲力乏，说话无力，动作迟缓等等。结合“舌诊”是舌质淡红，脉象迟弱时，那么这病人就是属于“阴寒”一类的病人，你就要选用“助阳”、“温阳”的中药和方法了。这样就进行了初步的分类，再逐层深入。这个道理，明朝名医张景岳就曾在他的《景岳全书•传忠录•阴阳篇》中说过：“凡诊病施治，必先审阴阳，乃为医道之纲领，阴阳无谬，治焉有差？医道虽繁，而可一言以蔽之者，曰：‘阴阳而已。’”就是说：“凡诊病治疗，必须要先分清所治疾病的阴阳属性，这是医学理论的纲领，阴阳属性判断不错了，治疗哪里还会有错呢？因此可以说，医学的道理虽然复杂，但可以用一句话把它概括起来：就是首先要分清阴阳的道理。”至于阴阳五行的具体运用，请参看相关的教科书。
