根据新《土地管理法》的规定，结合各地实践，土地整理程序一般如下： (1)确定土地整理区域，提出工作方案。县、乡(镇)人民政府根据当地经济社会发展需要和对土地利用的要求，依据土地利用总体规划确定的土地利用分区和有关专项规划，选定实施土地整理区域，制定实施土地整理工作方案。
土地整理区域一般集中连片，规模视当地具体情况而定。 (2)组织进行土地整理规划设计。具体分析土地整理潜力、综合效益，提出具体的规划设计方案和权属调整的意见等，广泛征求有关方面意见后，完善有关规划及各类备件。 (3)依法报上级人民政府或土地管理部门审核、批准。
上级人民政府或土地管理部门依照有关法规、政策、技术标准等，结合当地情况，审核、批准土地整理规划设计与工作方案并进行备案。土地整理规划设计及工作方案批准后，向社会公布。 (4)组织土地整理实施。按照批准的土地整理规划设计和工作方案，县、乡(镇)人民政府组织农村集体经济组织，有计划、有步骤地进行土地整理建设。
(5)确认权属。按照有关法律和政策规定，对调整后的土地，办理确定土地所有权、土地使用权等手续。 (6)检查验收。按土地整理规划设计的要求，依法由批准土地整理的人民政府或土地管理部门组织进行检查验收并确定土地利用调整情况，包括耕地面积调整情况。
有关资料、图件等整理归档。 在开展土地整理过程中，土地管理部门应积极履行职责，做好有关业务服务等工作。
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