当存在血清碱性磷酸酶增高、转氨酶中度增高,起初轻度或不存在高胆红素血症的,临床背景相符的中年女性,可有瘙痒则应考虑PBC。若存在明显胆管上皮损伤(充血性胆管病变)和血清抗线粒体抗体阳性,可确定诊断。然而,若胆管上皮仅轻度损伤,抗线粒体抗体阴性,这种模棱两可的情况需要再观察并重复活检以确定诊断。PBC的更细微的线学包括门脉区泡沫样巨噬细胞、肉芽肿、门脉旁胆汁淤积、门管旁铜积聚增多。不过,首先应明确是门管胆管的炎症过程而不是肝炎。若有轻度胆管损伤和肝炎,应怀疑丙型肝炎。若病毒血清学为阴性,病人有类似PBC的慢性活动性肝炎的特征,问题则变得困难了。PBC的特征性胆管改变局限性的,任何一次性活检都可能漏诊。