地税局对某公司纳税情况实施稽查，发现该公司存在以费用报销的名义发放各类补贴少代扣代缴个人所得税的行为，最终依法责令其补扣缴个人所得税并处以罚款，补罚金额合计14万元。 由于该案为高收入行业专项检查选案户，因此在税务稽查过程中，稽查人员将个人所得税的扣缴情况作为稽查重点。
在调取了该公司稽查所属期内的账本、凭证、纳税资料之后，税务稽查人员发现该公司“管理费用”科目列支了洗理费、通讯费、清凉费、伙食费、过节费、旅游费等各种名目的费用，出现频率较高，金额相对固定，合计列支费用达一百万元，有变相发放补贴的嫌疑。经进一步核查相关记帐凭证，稽查人员发现记帐凭证后不仅附有电信定额发票、大型商超商品销售发票、旅游费发票等各类名目的发票，还附有明细发放清单，各种补贴以现金发放，员工人人有份。
至此，企业以费用报销的名义发放补贴的事实已基本确定。随后，稽查人员对工资发放表及个人所得税扣缴申报表进行比对，证实该公司发放以上补贴未并入当月工资薪金计算个人所得税，造成少代扣代缴个人所得税。另外，该公司分两次发放年终奖，上半年发放一次，下半年发放一次。
根据税法规定，全年一次性奖金的计税办法在一个纳税年度内只能使用一次，因此按规定该公司只能选取其中一次发放的年终奖按全年一次性奖金申报代扣代缴个人所得税，另一次发放的年终奖应并入当月工资薪金按工资薪金所得代扣代缴个人所得税，而该公司违反规定将两次发放的年终奖合并作为全年一次性奖金申报代扣代缴个人所得税，也造成少代扣代缴个人所得税。
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